A relação entre a Polícia Federal e o Supremo Tribunal Federal se tornou tensa após o diretor-geral da PF, Andrei Rodrigues, oferecer acesso ao celular de Daniel Vorcaro a aliados de Alexandre de Moraes. O gesto levou Cristiano Zanin e Gilmar Mendes a formalizarem um pedido à PF para obter os dados. Entretanto, a situação se complicou quando o ministro André Mendonça solicitou informações sobre as quebras de sigilos fiscal, bancário e telemático de Fábio Luís Lula da Silva, conhecido como Lulinha.
O pedido de Mendonça ocorreu após a PF de Andrei Rodrigues se recusar a produzir e entregar relatórios relacionados a essas quebras ao relator da Operação Sem Desconto. Em dezembro de 2025, o ministro oficiou à PF, mas não obteve resposta. Em agosto, ele decidiu cobrar os dados brutos, momento em que Rodrigues alegou que isso configurava uma "invasão da autonomia investigativa da corporação". Como resultado, acionou a Advocacia Geral da União para recorrer ao STF, buscando derrubar a ordem de Mendonça.
Jorge Messias, em resposta à situação, optou por ignorar o pedido da PF e tentou amenizar a tensão entre Andrei Rodrigues e André Mendonça, mas sua ação não surtiu efeito. Sua tentativa de apaziguar as relações foi interpretada como um conluio com o ministro, supostamente devido a afinidades religiosas, o que gerou críticas e acabou sendo documentado em um dossiê encomendado por Alexandre de Moraes.
A proteção dada por Andrei Rodrigues a Lulinha levantou questionamentos sobre sua permanência à frente da PF. Além de resistir em fornecer os dados solicitados por Mendonça, o diretor também alterou o delegado responsável pela investigação e dividiu o inquérito em três partes, enviando uma delas ao ministro Flávio Dino. Essa fragmentação dos casos levanta preocupações sobre as motivações por trás dessas decisões.
O tratamento que Andrei Rodrigues dispensou a Lulinha se torna ainda mais controverso quando se considera que ele ofereceu os dados do celular de Vorcaro a Zanin e Gilmar Mendes, ignorando Mendonça e o próprio Edson Fachin, que, na qualidade de presidente do STF, havia requisitado os autos do caso para análise. Essa disparidade de tratamento entre os envolvidos na investigação e os aliados de Moraes levanta questões sobre a institucionalidade do STF e a reputação da Polícia Federal.